Het Dagelijks bestuur van het Koninklijk Natuurhistorisch Genootschap wordt gevormd door een aantal vrijwilligers die de taken van voorzitter, secretaris en penningmeester op zich hebben genomen. Zij geven, samen met de medewerkers van het kantoor, richting aan de vereniging.

De leden van de vereniging worden regelmatig betrokken bij de richting die de vereniging opgaat, onder meer via het twee maal per jaar georganiseerde Periodiek Overleg. Ook tijdens de jaarlijkse Algemene Ledenvergadering, welke tijdens de Genootschapsdag in het voorjaar wordt gehouden, kunnen leden hun wensen kenbaar maken aan het bestuur.